اما آنچه به او قوت قلب و اعتماد به نفس بیشتری برای مبارزه با نومیدی و بدبینی داد آشنایی اش در همان ایام با دختری به نام (جین وایلد) بود كه بعد ها همسرش شد و نقش فرشته نگهبانش را به عهده گرفت. جین اعتقادات مذهبی عمیقی داشت و معتقد بود كه در هر فاجعه ای بذر امیدی وجود دارد كه با استقامت و قدرت روحی خود می تواند رشد كند و بارور شود. باید به خداوند توكل داشت و از ناكامیهایی كه پیش می آید خیزگاههایی برای كامیابی ساخت. جین دانشجوی دانشگاه لندن بود اما تحت تاثیر هوش فوق العاده و شخصیت استثنایی استیفن چنان مجذوب او شده بود كه هر هفته به سراغش می آمد و ساعتی را به گفتگوی با او می گذرانید و آمپول خوشبینی تزریق می كرد.آنها پس از چندی رسما نامزد شدند و استیفن تحصیلات دانشگاهی اش را از سر گرفت زیرا برای ازدواج با جین می بایست هرچه زودتر دكترای خود را بگیرد و كار مناسبی پیدا كند. او طی دو سال با اشتیاق و پشتكار این برنامه را عملی كرد در حالیكه رشد بیماری لعنتی را در عضلاتش شاهد بود و ابتدا به كمك یك عصا و سپس دو عصا راه می رفت ازدواجش با جین در سال ۱۹۶۵ صورت گرفت و او چنان غرق امید و شادی بود كه به پیش بینی دو سال پیش پزشكان در مورد مرگ قریب الوقوعش نمی اندیشید.

 متاسفانه پیش بینی پزشكان در مورد بیماری فلج پیش رونده او نادرست نبود و این بیماری به همه بدنش چنگ انداخته. از اواخر دهه ۶۰ برای نقل مكان از صندلی چرخدار استفاده می كند و قدرت تحرك از همه اجزای بدنش بجز دو انگشت دست چپش سلب شده است. با این دو انگشت او می تواند دكمه های كامپیوتر بسیار پیشرفته ای را فشار دهد كه اختصاصا برای او ساخته اند و بجایش حرف می زند. و رابطه اش را با دنیای خارج برقرار می همیشه از دست می كند زیرا از سال ۱۹۸۵ قدرت تكلم خود را هم ازدست داده است. در آن سال او پس از بازگشت از سفری به درو دنیا برای مدتی در ژنو بسر می برد كه مركز پژوهشهای هسته ای اروپاست و دانشمندان این مركز جلسات مشاوره ای متعددی با او داشتند. یك شب كه استیفن هاوكینگ تا دیر وقت مشغول كار بود ناگهان راه نفس كشیدنش گرفت و صورتش كبود شد بیدرنگ او را به بیمارستان رساندند و تحت معالجات اضطراری قرار دادند. معمولا مبتلایان به این بیماری  در مقابل ذات الریه حساسیت شدیدی دارند و در صورت ابتلای به آن میمیرند كه این خطر برای استیفن هاوكینگ هم پیش آمده بود و گرفتن راه تنفس او ناشی از ذات الریه بود. پس از چند روز بستری بودن در بخش مراقبتهای ویژه بیمارستان سرانجام با اجازه همسر اش تصمیم گرفته شد كه با عمل جراحی مخصوص مجرای تنفس او را باز كنند اما در نتیجه این عمل صدای خود را برای همیشه از دست داد. عمل جراحی با موفقیت صورت گرفت و بار دیگر استیفن از خطر مرگ جست. هر چند قدرت تكلم خود را از دست داد اما با جایگزینی كامپیوتر مخصوص سخنگو ارتباط او با اطرافیانش حتی بهتر از سابق شد زیرا قبلا بعلت ضعف عضلات صوتی با دشواری و نارسایی زیاد صحبت می كرد. كامپیوتر سخنگو را یك استاد آمریكایی كامپیوتر در كالیفرنیت برای او ساخت و تقدیمش كرد. برنامه ریزی این دستگاه شامل سه هزار كلمه است و هر بار كه استیفن بخواهد سخنی بگوید می بایست با انتخاب كلمات و فشردن دكمه های كامپیوتر به كمك دو انگشتش كه هنوز كار می كنند جمله مورد نظرش را بسازد و صدای مصنوعی به جای او حرف می زند. البته اینگونه سخنگویی ماشینی طولانی تر است اما خود استیفن كه هرگز خوشبینی اش را از دست نمی دهد عقیده دارد كه به او وقت بیشتری می دهد برای اندیشیدن آنچه می خواهد بگوید و سبب می شود كه هرگز نسنجیده حرف نزند.